SMP Negeri 2 Pegandon yang kini berlokasi di Jalan Sunan Ampel Nomor 41 Desa Rejosari, Kecamatan Ngampel, Kabupaten Kendal, Provinsi Jawa Tengah, dibuka pertama kali pada tahun pelajaran 1990/1991 berdasarkan Instruksi Ka Kanwil Depdikbud Prov. Jawa Tengah Nomor: 053/I03/H/90 tanggal 5 Juni 1990. Berdasarkan instruksi tersebut, Kepala SMP Negeri 1 Pegandon (Bapak Sihana Hadi, B.A.) berinisiatif membuka pendaftaran siswa baru. Ada 80 calon siswa yang mendaftar dan semuanya diterima. Masuk pertama kali pada tanggal 16 Juli 1990 di SMP Negeri 1 Pegandon (Jalan Raya Pegandon-Kendal) karena belum memiliki gedung sendiri dan masuk pada siang hari. Tenaga pengajar dan TU berasal dari SMP Negeri 1 Pegandon dengan status honorer.
Pada tahun kedua (1991/1992), SMP Negeri 2 Pegandon menempati gedung baru dengan jumlah siswa 123 orang dari 178 pendaftar. Pada bulan Juli dan Agustus 1991, baru siswa kelas II yang masuk pagi, sedangkan kelas I masuk siang. Pada bulan September 1991, semua kelas masuk pagi (tiga kelas menempati ruang belajar asli, dua kelas menempati ruang perpustakaan dan laboratorium).
Berdasarkan surat dari Kandepdikbud Kab. Kendal Nomor: 235/I03.24.B/Ad’91, SMP Negeri 2 Pegandon mendapatkan Nomor Statistik Sekolah (NSS): 20.103.24.10.060. Dengan jumlah siswa 190 orang dengan rincian: kelas I sebanyak 122 siswa (tiga kelas) dan kelas II sebanyak 68 siswa (dua kelas), kegiatan belajar-mengajar diampu oleh 1 orang guru ber-SK, 7 orang guru nota tugas, 1 orang guru DPK dari SMP 1 Pegandon, dan 1 orang guru GTT. Sedangkan, tenaga TU sebanyak 6 orang tenaga TU tidak tetap dan 2 orang tenaga pesuruh (jaga malam).
Seiring dengan dinamika dunia pendidikan yang terus berkembang di tengah-tengah budaya masyarakat setempat, SMP Negeri Pegandon terus berbenah dan mengalami kemajuan yang cukup pesat, baik dari aspek siswa, guru, tenaga TU, sarana dan prasarana, fasilitas, maupun prestasi (akademik dan nonakademik) yang diperoleh.
Adapun Kepala Sekolah yang pernah bertugas di SMP Negeri 2 Pegandon antara lain sebagai berikut.
- SIHANA HADI, B.A. (Pengampu I tahun 1990/1991)
2. R. SOETRISNO (1991-1996)
3. ALIEF SUDARMONO, Bc.Hk. (Ymt. Juli 1996-September 1996)
4. SUWARSO, S.Pd.(1996-2003)
5. Drs. KAREP SUBAGYO (2003-2006)
6. Drs. TRIYANTO (2006-2009)
7. Drs. TRI WIDODO (2009-2014)
8. GUNADI, S.Pd., M.Si. (2014-2017)
9. SUDARMONO, S.Pd., M.Pd. (2017-2021)
10. SUCIPTO, S.Pd.,M.Si. (2021-2023).
11. ARIS SUPARYANTO, S.Pd. (Plt. 2023-2024)