Hujan deras yang mengguyur kabupaten Kendal selama berhari-hari membuat Sungai Blorong di dekat SMP 2 Pegandon meluap. Sungai yang berjarak sekitar 200meter dari sekolah ini, pada tanggal 4 Pebruari 2014 meluap sekitar pukul 23.00 WIB dan menggenangi seluruh wilayah kecamatan Ngampel dengan kedalaman lutut orang dewasa.
Antisipasi telah dilakukan oleh tukang kebun sekolah dengan menaikkan seluruh berkas dan barang ke atas meja dan tempat yang aman dari terjangan banjir. Sehingga saat banjir melanda sekolah, berkas-berkas penting dan peralatan sekolah seperti perangkat IT, alat laboratorium dan buku-buku perpustakaan terselamatkan. Namun demikian masih ada beberapa alat dan buku yang tidak terselamatkan karena tingginya kedalaman banjir.
Syukur alhamdulillah, banjir surut pada pagi harinya. Banjir sesaat yang melanda sekolah meninggalkan genangan lumpur di semua bagian sekolah sehingga anak-anak terpaksa belajar mandiri di rumah karena proses pembersihan sekolah. Proses pembersihan dilakukan secara gotong royong oleh guru, karyawan, tukang kebun dan tenaga dari luar sekolah agar proses pembersihan berjalan cepat sehingga tidak menghambat proses belajar mengajar di sekolah.
Berikut ini adalah dokumentasi dari akibat banjir di sekolah serta proses pembersihannya.
